Fondo Antiguo

    FA 130.000 - Incunables
    FA 131.000 - Postincunables
    FA 133.000 - Siglo XVI
    FA 136.000 - Siglo XVII
    FA 140.000 - Siglo XVIII
    FA 240.000 - Siglo XIX (hasta 1835)
    FA 400.000 - Siglo XIX (1836-1900)
    FA 300.000 - Revistas
    FA.Foll 001.000 - Folletos
    DIB 400.000 - Dibujos
    EST 301.000 - Estampas
    EST 304.500 - Estampas libros
    MSS 000.001 - Manuscritos

Fondo Josemaría Escrivá

    FBJE 151.000 - Obras sobre el Opus Dei y su Fundador
    FBJE 161.000 - Obras del Fundador
    FBJE 166.000 - Revistas
    FBJE.Foll 000.001 - Folletos

Fondo Universidad de Navarra

    UN 001.000 - Libros
    UN 005.000 - Revistas
    UN.Foll 000.001 - Folletos

Otras colecciones

    CAR 900.000 - Cartografía
    FOT 700.000 - Fotografías
    GTA 000.001 - Libros de gran tamaño
    PTA 000.001 - Libros de pequeño tamaño
    PTA 005.000 -  Revistas de pequeños tamaño
    RYV 129.000 - Raros y valiosos
    RYV.Foll 000.001 - Folletos Raros y valiosos