Alzados interiores de la iglesia

El templo presenta una cabecera de tres ábsides, de mayores dimensiones el central que los laterales. La capilla mayor, de cierre cilíndrico al interior, se organiza en tres niveles de altura, separados por impostas. El inferior, un paramento liso; encima los tres vanos de iluminación de medio punto moldurados, enmarcados por una arquería ciega; y el nivel superior horadado por cinco óculos abiertos intercalados entre arquillos ciegos de medio punto. El hemiciclo se cierra con una bóveda de horno, a la que antecede un tramo de cañón apuntado y doble arco de embocadura apuntado, espacio que es embellecido con decoración escultórica labrada en los capiteles. Por su parte, los ábsides laterales presentan soluciones más sencillas, perforados por un único vano central de medio punto, recorridos en su parte inferior y superior por impostas, y cubiertos por una bóveda de horno, precedidos por un doble arco de embocadura. 

Los cambios de la primera a la segunda fase constructiva del templo, correspondiente al último tercio del siglo XII, se advierten principalmente en el crucero, que en los brazos adopta cubiertas de arcos cruzados de sección cuadrada, sobre los que se apoyan los cuatro plementos independientes que la cierran, solución abovedada que también se emplea en los tres tramos de las naves, reforzados por arcos fajones apuntados de sección rectangular, frente a las bóvedas de cañón inicialmente proyectadas. Los arcos cruzados o nervios apean sobre las columnillas de los codillos de los pilares, mientras que los fajones, más anchos, apoyan en las dobles columnas de los frentes de los pilares. 

La incorporación de los arcos formeros para el apeo lateral de los plementos y descarga de los muros perimetrales permitió aligerar el muro, abriendo galerías perimetrales internas, tanto en la nave mayor como en las laterales, a las que se accede por las escaleras de caracol construidas en la torre de la fachada occidental, enlazando el corredor superior con el coro, galerías que en las partes altas de los tramos más occidentales de la nave mayor y en los paramentos superiores del cimborrio se iluminan con pares de óculos. El alzado de la nave central se compone de arcadas de comunicación ligeramente apuntadas y claristorio para la iluminación. La entrada de luz por los pies del templo también se produce desde cinco grandes ventanas apuntadas, simétricas y decrecientes que horadan el cierre superior del hastial occidental.

La iglesia se embellece con una interesante colección de capiteles, realizada al menos por dos talleres, el que esculpe figuras de canon corto y limitado recorrido artístico, y el que labra figuras más estilizadas, detalladas y minuciosas. En el caso de los cuatro capiteles de los pilares, se labraron motivos vegetales, escenas de lucha entre jinetes o temática religiosa. También destacan las claves de las bóvedas de la nave y brazos del transepto, ya que son las primeras figuradas de Navarra, con temas como como el Pantocrátor, ángeles trompeteros, el martirio de San Esteban y de la Diestra del Señor, entre otros, y las esculturas del tetramorfos de tamaño natural, con el cuerpo humano de los evangelistas y la cabeza de su respectivo animal-símbolo, dispuestas bajo las trompas de la cúpula del cimborrio que cierra el crucero. Este cimborrio, de planta cuadrada y cuerpo octogonal, perdió el abovedamiento originario de arcos cruzados a fines del siglo XVI, cuando fue reemplazado por una cúpula de media naranja sobre trompas aveneradas, concertada en 1600 con el riojano Domingo de Sarasola.

En el último tercio del siglo XVI la iglesia fue intervenida en el espacio más occidental, edificando un coro en alto que ocupa el último tramo de la nave central, en el que trabajaron los hermanos Juan y Pedro de Gabiria en 1580. Se eleva sobre un arco rebajado que apea en columnas, con el frente y capiteles esculpidos con decoración renacentista, cerrando el sotocoro una compleja bóveda nervada.