El Museo de Ciencias Naturales abre sus puertas a mediados del año 1998, incluyendo entre sus fondos expuestos una colección zoológica, una sección de minerales, rocas y fósiles y una muestra de antiguos recipientes, textos, útiles y aparatos usados antaño en farmacia, química y fotografía.
La totalidad de la colección se aloja en las cinco plantas del Edificio de Ciencias.
La colección se completa con fondos propios, procedentes del Museo del Departamento de Zoología y Ecología de la Universidad de Navarra.
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En las vitrinas distribuidas en todas las plantas del Edificio de Ciencias se exponen más de 4.000 conchas de moluscos, cerca de 1.000 insectos (incluidas 300 mariposas) y más de 800 vertebrados (peces, anfibios, reptiles, aves y mamíferos) de todo el mundo. Además se exhiben esponjas, corales, equinodermos, "gusanos" y otros animales, así como un centenar de esqueletos, cráneos y piezas óseas, que completan los más de 7.000 ejemplares expuestos.
En la quinta planta se incluye una sección constituida por Cajas Didácticas que datan, en su mayoría, de principios de siglo. Dedicadas a temas diversos (procesos y productos industriales, materias primas, enfermedades agrícolas, maderas, etc.) fueron utilizadas en la enseñanza práctica del alumnado de Lecároz.
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