El Doctorado constituye el grado más alto de los estudios universitarios. Se configura como un periodo de formación especializada bajo la dirección de un profesor (4-5 años de duración). Proporciona una alta cualificación en la materia por la que opta cada candidato. Incluye un periodo de formación con sesiones lectivas (un año), seguido de un periodo de investigación que concluye con la defensa de la tesis doctoral, que es un trabajo original de investigación sobre una materia relacionada con el campo científico del programa de Doctorado elegido.

El programa de Doctorado tiene como objetivo la formación especializada de investigadores y docentes universitarios. Proporciona la transmisión de los avances científicos en el ámbito jurídico en el que se desarrolla la investigación de cada candidato.

En este medio siglo de historia de la Universidad de Navarra se han defendido más de 5.000 tesis doctorales, de las cuales, más de 300 proceden de la Facultad de Derecho.