Las signaturas de la Biblioteca de las Facultades Eclesiásticas responden al sistema de clasificación por materias aunque con la letra T incorporada, que indica su pertenencia a dicha biblioteca. La mayoría de las obras están clasificadas en la signatura A correspondiente a Teología por lo que son del tipo: AT.
Algunos ejemplos:

• AT.090.004
• AT 013.060
• SAT 013.144  (La S inicial indica que la obra se encuentra en la Sala de Lectura de la Biblioteca de las Facultades Eclesiásticas)

 Las signaturas de las obras de tamaños especiales comienzan de las siguientes maneras:

• GTA.T (libros de gran tamaño)
• PTA.T (libros de tamaño pequeño)