La Comisión de Garantía de Calidad de las Facultades Eclesiásticas de la Universidad 
de Navarra tiene como función el análisis, asesoramiento y seguimiento de los sistemas de calidad y de mejora académica de las Facultades Eclesiásticas de la Universidad de Navarra y de los Institutos Superiores de Ciencias Religiosas vinculados a la Facultad.

La Comisión ejerce, entre otras, las siguientes funciones:

• Prestar el apoyo necesario a las Facultades Eclesiásticas para llevar a cabo los procesos de Evaluación Académica, así como el seguimiento de los planes de mejora académica, en estrecha relación con las Juntas Directivas de las Facultades Eclesiásticas.

• Mantener relación estable con la Comisión de Evaluación de la Calidad y Acreditación de la Universidad de Navarra (CECA), con la Agencia de la Santa Sede para la Evaluación y la Promoción de la Calidad de las Universidades y Facultades Eclesiásticas (AVEPRO) y con otras agencias nacionales e internacionales de Calidad Académica.