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Desde sus comienzos las facultades de Medicina, Ciencias y Farmacia, tienen entre sí una estrecha relación dado el carácter común de algunas disciplinas.

Algunos departamentos son comunes a las tres facultades; y sus edificios, contiguos entre sí, se encuentran en el campus de Pamplona. Esta relación se extiende de forma natural a la Clínica Universidad de Navarra, tanto en la formación práctica de los alumnos como en el desarrollo de líneas de investigación punteras.

A lo largo de los años 90 y principios del siglo XXI se ha ido produciendo de forma paulatina la sinergia natural entre las actividades del campus de San Sebastián y de Pamplona. Esta colaboración se plasma en el desarrollo conjunto de líneas y proyectos de investigación en áreas biomédicas, tales como bioinformática, biosensores, micro mecánica orientada a implantes, biomateriales, análisis y tratamiento de imágenes médicas, etc.

En esta sinergia han influido de manera decisiva la iniciativa de los investigadores y la creación en el campus de Pamplona del Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA) y la ampliación en 2003 del campus de San Sebastián con un edificio de 7800 m2 dedicado a tecnologías de vanguardia en el ámbito de las comunicaciones, la electrónica y los micro y nanosistemas.