La colección de manuscritos es reducida y está parcialmente inventariada. Para la consulta se dispone de fichas catalográficas en cartulina. El fondo se ha formado por legados y donaciones de archivos familiares, mencionamos Cebrián Mezquita, Navarro Villoslada, Ponce de León, Suárez Verdeguer.

Los ejemplares más destacados son:

• Adnotationes quaecumque ex Dominici Cavallerii deprompte a J. N. Gallego. Juri canonico in Salm. Acad. operam navanti. Zamore. (1800). (Poemas y prosa inédita) [VER CATÁLOGO]
• Crónica de los reyes de Navarra escrita por D. Carlos, Principe de Viana (1592). [VER CATÁLOGO]