El Gran Canciller de la Universidad, Monseñor Javier Echevarría, falleció el 12 de diciembre de 2016 en Roma a los 84 años. El rector, Alfonso Sánchez-Tabernero, le recuerda como un hombre generoso, "siempre atento a los problemas de los demás, lleno de esperanza y con una gran fe en Dios".
El día 16 se celebró en el Polideportivo de la Universidad la misa funeral por su eterno descanso. La ceremonia fue presidida por don Francisco Pérez, arzobispo de Pamplona y obispo de Tudela. En su homilía, destacó sus encuentros con el Gran Canciller, sobre todo en sus estancias en Navarra y aseguró: "siempre tuve la impresión de admirar en él a un hombre viviendo intensamente su sacerdocio (...) que amaba con un corazón generoso".
La ceremonia contó con la asistencia de más de 3.500 personas y participaron casi un centenar de sacerdotes.
El día19 de enero de 2018 tuvo lugar un acto académico en memoria de Javier Echevarría, Gran Canciller de la Universidad entre 1994 y 2016.
El acto, que se celebró en el auditorio del Museo a las 12h., contó con la presencia de don Fernando Ocáriz, Prelado del Opus Dei y nuevo Gran Canciller; y en él intervinieron el rector, Alfonso Sánchez-Tabernero, la vicedecana de la Facultad de Medicina y neumóloga de la Clínica, Arantza Campo, y el antiguo director general del IESE, el profesor Jordi Canals.
