La Biblioteca de la Universidad de Navarra se creó como un conjunto de bibliotecas departamentales, paralelamente al desarrollo de las primeras Facultades. En 1961 se constituyó la Biblioteca de Humanidades (actual Biblioteca Central), aglutinando los fondos de las Facultades de Filosofía y Letras, Derecho y Derecho Canónico. Posteriormente se crearon las otras dos secciones: Ciencias Geográficas y Sociales y Ciencias Experimentales, que completan el actual Servicio de Bibliotecas.

En la actualidad, las secciones de Humanidades y Ciencias Geográficas y Sociales, agrupadas en una sola, tienen su sede en el Edificio de Bibliotecas. La sección de Ciencias Experimentales ocupa un edificio situado junto a las Facultades de Medicina, Farmacia y Ciencias. Además, existe una tercera biblioteca en la Escuela de Arquitectura.

En 1983 se inició el proceso de informatización con DOBIS-LIBIS, siendo una de la primeras bibliotecas españolas en automatizarse. En 2000 este sistema fue sustituido por INNOPAC  MILLENNIUM.