Gracias a la heterogeneidad de los grupos incluidos en BIOMA, el Instituto posee una amplia variedad de laboratorios donde se procesan, estudian y analizan muestras procedentes de las diferentes esferas ambientales, así como instalaciones dedicadas a distintas actividades de investigación y apoyo al Instituto.

• Laboratorio de técnicas cromatográficas y espectroscópicas

• Laboratorio de isótopos estables

• Laboratorio de suelos

• Laboratorio móvil para análisis de contaminantes atmosféricos

• Laboratorio de análisis de aguas

• Laboratorio agronómico

• Laboratorio de microscopía

• Laboratorio de taxonomía e identificación de especies

• Laboratorio de ecología molecular

• Laboratorio de fisiología vegetal e invernaderos-cámara y de gradiente térmico

• Laboratorio de procesado y digestión de muestras

• Laboratorio de informática para análisis de datos

• Laboratorio de sistemas de información geográfica y teledetección

• Laboratorio de Edificación

• Laboratorio multimedia de comunicación

Parte de las investigaciones de BIOMA se llevan a cabo en estaciones experimentales que garantizan la realización de trabajos a largo plazo y a diferentes escalas espaciales. Algunas de ellas se encuentran integradas en redes internacionales de seguimiento que tienen por objeto monitorizar una amplia variedad de ecosistemas de forma coordinada.

• Parque Natural del Señorío de Bertiz (Red de monitorización integrada: ICP-IM)

• Red de monitorización de metales pesados y nitrógeno reactivo en los ecosistemas (ICP-Vegetation)

• Estación del Carrascal (nitrógeno reactivo en ecosistemas mediterráneos)

• Estación de Etxeberri (nitrógeno reactivo en zonas agropecuarias)

• Estación de Artxuri (Red de observatorios de ecosistemas sensibles al cambio climático en el Pirineo: REPLIM)

• Red de observatorios de la biodiversidad de Navarra