El Departamento de Microbiología y Parasitología de la Facultad de Medicina de la Universidad de Navarra es un departamento interfacultativo que desarrolla una amplia labor docente, asistencial e investigadora. En este último apartado, el Departamento colabora intensamente con el Instituto de Salud Tropical.

Desde un punto de vista académico se subdivide en dos secciones docentes: Microbiología y Parasitología, ambas enfocadas hacia una docencia integrada en los diferentes Grados (Enfermería; Biología; Bioquímica; Farmacia; Nutrición; Medicina) y Posgrados. 

El Departamento cuenta con instalaciones BSL-3 totalmente equipadas y certificadas para la manipulación de patógenos humanos bajo las más estrictas medidas de seguridad. 

Las principales líneas de investigación del Departamento se desarrollan principalmente en el contexto de los microorganismos patógenos (virulencia, tipificación, detección, diagnóstico, tratamiento, inmunoprofilaxis vacunal y seguridad alimentaria). Los miembros del Departamento son co-inventores de 23 patentes y mantienen fuertes colaboraciones con empresas biomédicas y farmacéuticas.

Dentro del Departamento se encuentra el Laboratorio de Microbiología de los Alimentos y Aguas (área Microbiología y Seguridad Alimentaria). Este laboratorio está certificado en el cumplimiento de los Principios de Buenas Prácticas de Laboratorio (BPL) para la realización de ensayos de eficacia antibiótica, fungicida, de conservantes y estabilidad en los ámbitos de medicamentos de uso humano y de uso veterinario y de productos cosméticos. Además, el laboratorio ofrece otros servicios analíticos para la Industria agroalimentaria, farmacéutica, química y de materiales (la mayoría según métodos normalizados ISO), siguiendo los estándares de calidad de la norma ISO 17025. 

Por otra parte, los profesores que son especialistas en Microbiología clinica desarrollan también actividad asistencial en los Servicios de Microbiología y Enfermedades Infecciosas en la Clínica Universidad de Navarra, en sus sedes de Pamplona y Madrid. Las líneas de investigación clínica se desarrollan dentro del Instituto de Investigación Sanitaria de Navarra (IDISNA) en las áreas de diagnóstico y tratamiento de infecciones asociadas a biofilms, infecciones por virus respiratorios, infecciones en el paciente trasplantado, infecciones relacionadas con la asistencia sanitaria, infecciones por microorganismos multiresistentes y desarrollo de nuevos antimicrobianos.