El Departamento edita la Serie Zoológica de las Publicaciones de Biología de la Universidad de Navarra.
Aunque Serie Zoológica acepta trabajos diversos sobre Fauna, Ecología y Sistemática, su ámbito particular son los trabajos sistemáticos o ecológicos cuyo ámbito sea principalmente Navarra y las regiones limítrofes; las monografías taxonómicas generales que por su extensión no son publicables en otras revistas especializadas, y series de artículos sobre fauna y ecología relacionados entre sí.
La edición de Serie Zoológica es desde 2005 dual papel/electrónica. Los trabajos pueden ser remitidos en español o inglés y son revisados por especialistas antes de su aceptación. La publicación es bilingüe.
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