Tesis doctorales y libros listados por la fecha de su primera publicación:

Karl Popper: Búsqueda sin término (Magisterio Español [EMESA]; Madrid, 1979; 2nd edn, 1995)

La confiabilidad de la ciencia y su impacto filosófico (Tesis Doctoral en Filosofía: Universidad de Barcelona, 1979); se publicó un breve resumen (Ediciones de la Universidad de Barcelona; Barcelona, 1980)

Filosofía de la naturaleza (Ediciones Universidad de Navarra [EUNSA]; Pamplona, 1984; 2ª ed., corregida y muy aumentada, 1989; 3ª ed., revisada, 1993; [estas primeras tres ediciones fueron escritas en colaboración con Juan José Sanguineti]; 4ª ed., revisada, 1998; 5ª ed., 2003). Edición intaliana – a partir de la 2ª edición española – Filosofia della natura, con introducción de Evandro Agazzi (Le Monnier; Florence, 1989). Edición portuguesa – Filosofia da naturaza (Instituto Brasileiro de Filosofia e Ciencia ‘Raimundo Lulio’; Sao Paulo, 2005)

Introducción a la filosofía (EUNSA; Pamplona, 1984; 2ª ed., 1987; 3ª ed., 1990; 4ª ed., 1995; 5ª edn, 1997). Edición inglesa: Introduction to Philosophy (Sinag-Tala Publishers; Manila, 1990)

Ciencia, razón y fe, con introducción de Evandro Agazzi (Ediciones Palabra; Madrid, 1984; 2ª ed., 1985; 3ª ed., 1986; 4ª ed., 1987; 5ª ed., aumentada con un nuevo apéndice, 1992); 6ª ed., revisada y aumentada (EUNSA; Pamplona, 2004; reimpresión, 2006)

Las fronteras del evolucionismo, con introducción de Sir John Eccles (Ediciones Palabra; Madrid, 1985; 2ª ed., 1985; 3ª ed., 1985; 4ª ed., 1986; 5ª ed., aumentada con un nuevo capítulo, 1992); 6ª ed., revisada (EUNSA; Pamplona, 2004). Edición portuguesa: As Fronteiras do Evolucionismo (Rei dos Livros; Lisboa, 1993). Edición italiana – de la 5ª edición española: Le Frontiere dell'Evoluzionismo (Edizioni Ares; Milan,1993; incluye un diálogo con Sir John Eccles, titulado: ‘Alma humana, ciencia y religión’

El problema de la substancialidad de las partículas elementales (Pontificia Universidad Lateranense; Roma, 1987) [parte de la tesis doctoral de 1963]

Filosofía de la ciencia experimental. La objetividad y la verdad en las ciencias (EUNSA; Pamplona, 1989; 2ª ed. con nuevos apéndices, 1992; 3ª ed., 1999). Edición inglesa (traducida por Alan McCone Jr): Knowing Things for Sure. Science and Truth (University Press of America; Lanham MD, 2006)

El hombre a la luz de la ciencia, con introducción de Monseñor Álvaro del Portillo (Ediciones Palabra; Madrid, 1992); incluye un diáloco con Monseñor del Portillo, titulado: ‘Ciencia y conciencia’

La inteligibilidad de la naturaleza (EUNSA; Pamplona, 1992; 2ª ed., con pequeñas correcciones, 1995)

Ciencia y fe: nuevas perspectivas (EUNSA; Pamplona,1992)

El desafío de la racionalidad (EUNSA; Pamplona, 1994; 2ª ed., 1999)

La mente del universo, Lección Inaugural del año académico 1996-97 en la Universidad de Navarra (EUNSA; Pamplona, 1996)

Lógica y ética en Karl Popper (Se incluyen unos comentarios inéditos de Popper sobre Bartley y el racionalismo crítico) (EUNSA; Pamplona, 1998; 2ª ed., 2001). Edición inglesa: The Ethical Nature of Karl Popper’s Theory of Knowledge: Including Popper’s Unpublished Comments on Bartley and Critical Rationalism (Verlag Peter Lang; Berne, 1999)

La mente del universo (EUNSA; Pamplona, 1999; 2ª ed., 2000). Edición inglesa: The Mind of the Universe. Understanding Science and Religion(Templeton Foundation Press; West Conshohocken PA,  2000; paperback ed., 2001)

Filosofía de la ciencia (EUNSA; Pamplona, 1999; 2ª ed., 2006)

Galileo en Roma. Crónica de 500 días, escrito en colaboración con William R. Shea (Ediciones Encuentro; Madrid, 2003). Edición inglesa: Galileo in Rome: The Rise and Fall of a Troublesome Genius (Oxford University Press; New York, 2003). Edición alemana: Galileo Galilei. Aufstieg und Fall eines Genies(Primus Verlag; Darmstadt, 2006). Edición japonesa: (Otsuki Shoten; Tokyo, 2005). Edición coreana: (East Asia Books; Korea, 2006)

Negotiating Darwin. The Vatican confronts evolution 1877-1902, escrito en colaboración con Thomas Glick y Rafael Martínez (Johns Hopkins University Press; Baltimore MD, 2006)

Galileo Observed. Science and the Politics of Belief, escrito en colaboración con William R. Shea (Science History Publications; Sagamore Beach MD,2006)

Oracles of Science, escrito en colaboración con Karl Giberson (Oxford University Press; New York, 2006)

Origen del hombre. Ciencia, Filosofía y Religión, escrito en colaboración con Daniel Turbón (EUNSA; Pamplona, 2007; 2ª & 3ª eds., 2008)

Ciencia y religión. Conceptos fundamentales (EUNSA; Pamplona, 2007)

Galileo y el Vaticano. Historia de la Comisión Pontificia de Estudio del Caso Galileo (1981-1992), escrito en colaboración con Melchor Sánchez de Toca (Biblioteca de Autores Cristianos (BAC); Madrid, 2008)