El Estudio General de Navarra estableció desde sus inicios la docencia de teología. Así, en diciembre de 1964 el gran Canciller, san Josemaría Escrivá, erigió el Centro Teológico de la Universidad, previendo ya acontecimientos, pues estaba muy adelantada la redacción del decreto conciliar Optatam totius.

El 23 de abril de 1967 el Gran Canciller erigió el Centro de Ciencias Eclesiásticas de la Universidad de Navarra, integrado por el Instituto Teológico.

Comenzaron las tareas de acondicionamiento de un local cedido por el Cabildo Catedral de Pamplona, con entrada por la Puerta Preciosa del Claustro. Las clases comenzaron con treinta alumnos, laicos y sacerdotes.

El 1 de noviembre de 1969 la Congregación para la Educación Católica (con la expresa aprobación del Pablo VI) erigió la Facultad de Teología a partir del Instituto.

La Junta Directiva de la nueva Facultad quedó constituida por: José María Casciaro, decano; Ramón García de Haro, vicedecano; Lucas F. Mateo Seco, director de estudios; Amador García Bañón, secretario.

Alfredo García Suárez pasó a ser el primer director de Scripta Theologica, cuyo primer volumen, en dos fascículos, apareció en 1969, y José Morales fue secretario de la revista. La sede de la revista estaba en el campus, en la Biblioteca de Humanidades.

La imagen corresponde a la presentación ante los medios de comunicación del lanzamiento de la revista.

El último acto académico de investidura de doctores honoris causa de la Universidad de Navarra durante los años en que san Josemaría Escrivá fue su gran canciller tuvo lugar el 9 de mayo de 1974. En esa ceremonia se concedió el grado a Mons. Franz Hengsbach (Velmede, 1910-Essen, 1991), obispo de Essen y presidente de Adveniat.

En 1976 la Facultad tuvo que abandonar las instalaciones en el claustro de la catedral metropolitana que, además, se habían quedado pequeñas para el número de alumnos que iba creciendo. A lo largo del curso 1975-1976 comenzaron las obras para levantar un nuevo edificio en el campus universitario de entonces.

Durante los días 18 a 20 de abril se celebró en Pamplona el primer Simposio Internacional de Teología de la Universidad de Navarra bajo el lema "Etica y Teología ante la crisis contemporánea". Al simposio, de carácter interdisciplinar, asistieron como ponentes, teólogos, filósofos y juristas españoles, belgas, italianos y alemanes.

El 26 de abril de 1986 tuvo lugar la primera teleconferencia en directo y vía satélite que se celebró en la Universidad. Fue transmitida desde el Edificio de Teología a 170 escuelas de Periodismo de todo el mundo. Exchange ideas with journalist all over the world without leaving your seat, reclamaba el cartel con el que se promocionó la iniciativa en el campus.

El gran canciller Álvaro del Portillo y la Facultad de Teología concedieron el segundo doctorado honoris causa al Cardenal Roger Etchegaray (Espelette, 1922-Cambo-les-Bains, 2019), Presidente del Consejo Pontificio de Justicia y Paz, y del Consejo Pontificio Cor Unum.

El 20 de junio de 1990, un grupo de investigadores de la Facultad de Teología de la Universidad, con el profesor Pedro Rodríguez al frente, entregó al Papa Juan Pablo II la edición crítica del Catecismo Romano, en la que habían estado trabajando desde que Pedro Rodríguez descubrió en 1985 el manuscrito original en la Biblioteca Vaticana.

La Universidad de Navarra otorgó en este año la máxima distinción académica a los teólogos Leo Scheffczyk (Beuthen, 1920-Munich, 2005) y Tadeusz Styczen (Wolowice, 1931-Trzebnica, 2010) por "su espíritu creativo, basado en la optimista convicción cristiana de que es posible desvelar la verdad cuando a ésta no se antepone el propio egoísmo".

Un momento especial en la historia de la Facultad fue la concesión del doctorado honoris causa a Joseph Ratzinger, futuro Benedicto XVI en 2005, y Papa emérito desde 2013. El Cardenal había tenido siempre una fuerte vocación universitaria y se había dedicado con pasión y profundidad al estudio de la teología; desde 1981 era Prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe.

Se añadió un nuevo módulo al Edificio de Facultades Eclesiásticas, bajo la dirección del arquitecto Juan Rius. La ampliación, de cerca de 1.800 metros cuadrados, dispuso dos plantas para aulas, despachos y seminarios.

El 21 de diciembre de 1999 tuvo lugar la bendición de las nuevas instalaciones con la presencia del rector José María Bastero y de otras autoridades de la universidad.

En 2003 se otorgó el último doctorado honoris causa hasta la fecha. Recayó en el Cardenal Antonio María Rouco, entonces Arzobispo de Madrid, y bien conocido representante en nuestro país de la escuela canonística de Munich. El Gran Canciller Javier Echevarría lo elogió como «ejemplo de sacerdote con gran sentido universitario».

La Facultad de Teología celebró en octubre su medio siglo de historia. Los actos conmemorativos, que contaron con la participación de más de trescientas personas, comenzaron con una eucaristía concelebrada por más de 150 sacerdotes, entre ellos quince obispos de seis países, y presidida por el cardenal Ricardo Blázquez.