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presentacion bioinformatica

Grupo Computational Biology

El grupo de Biología Computacional de Tecnun es un equipo multidisciplinar, con gran experiencia en el desarrollo de algoritmos de optimización, análisis estadístico, así como métodos basados en machine learning y deep learning, principalmente enfocados en cuestiones del ámbito de la salud humana a través de datos de alta resolución molecular (genómica, transcriptómica, proteómica, metabolómica, etc) y bases de datos biológicas (genómicas, farmacológicas, metabólicas, etc). Actualmente, estamos trabajando en las siguientes temáticas:

  • Reprogramación metabólica en cáncer con el fin de identificar nuevas dianas terapéuticas y marcadores de respuesta.

  • Integración de experimentos masivos de silenciamiento génico y fármacos en el marco de la oncología de precisión.

  • Estudio del splicing alternativo en distintos tipos de cáncer: sus alteraciones, causas y efectos.

  • Modelos predictivos de toxicidad de fármacos basados en características estructurales.

  • Influencia de la microbiota intestinal en el ámbito de la salud y nutrición.

  • Esquemas de compression específicos para diferentes datos ómicos. Miembros activos en el desarrollo del standard MPEG-G para la representación de datos genómicos. 

  • Análisis de datos de ADN. Métodos para mejorar la identificación de variantes biológicas en germline y cancer.

  • Inferencia de redes de regulación de genes para datos de RNA provenientes de secuenciación en bulk y single-cell.

  • Caracterización de HERV (human endogenous retroviruses) en cancer y muestras de cerebro.

Durante estos años, hemos colaborado activamente con distintos centros de investigación y empresas. Los más relevantes son: CIMA, Clínica Universidad de Navarra, CIC BioGUNE, Biodonostia, FISABIO, Onkologikoa, Universidad de Granada, Celgene, Biobide, Universitat Politècnica de Catalonia, University of Illinois at Urbana-Champaign, Stanford University, y Universidad de la República (Uruguay).

Visor de contenido web (Global)

Equipo

 

Idoia Ochoa Álvarez

Profesora Colaboradora

 

+34 943 219877 Extensión: 842845

Ver CV "Ver CV de Idoia Ochoa Álvarez"

Francis Planes Pedreño

Catedrático

 

+34 943 219877 Extensión: 842802

Ver CV "Ver CV de Francis Planes Pedreño"

Ángel Rubio Díaz-Cordovés

Catedrático

 

+34 943 219877 Extensión: 842802

Ver CV "Ver CV de Ángel Rubio Díaz-Cordovés"

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Publicaciones Año 2019

  • Heirendt, Laurent; Arreckx, Sylvain; Pfau, Thomas; Mendoza, Sebastian N.; Richelle, Anne; Heinken, Almut; Haraldsdottir, Hulda S.; Wachowiak, Jacek; Keating, Sarah M.; Vlasov, Vanja; Magnusdottir, Stefania; Ng, Chiam Yu; Preciat, German; Zagare, Alise; Chan, Siu H. J.; Aurich, Maike K.; Clancy, Catherine M.; Modamio, Jennifer; Sauls, John T.; Noronha, Alberto; Bordbar, Aarash; Cousins, Benjamin; El Assal, Diana C.; Valcarcel, Luis V.; Apaolaza, Inigo; Ghaderi, Susan; Ahookhosh, Masoud; Ben Guebila, Marouen; Kostromins, Andrejs; Sompairac, Nicolas; Le, Hoai M.; Ma, Ding; Sun, Yuekai; Wang, Lin; Yurkovich, James T.; Oliveira, Miguel A. P.; Vuong, Phan T.; El Assal, Lemmer P.; Kuperstein, Inna; Zinovyev, Andrei; Hinton, H. Scott; Bryant, William A.; Aragon Artacho, Francisco J.; Planes, Francisco J.; Stalidzans, Egils; Maass, Alejandro; Vempala, Santosh; Hucka, Michael; Saunders, Michael A.; Maranas, Costas D.; Lewis, Nathan E.; Sauter, Thomas; Palsson, Bernhard O.; Thiele, Ines; Fleming, Ronan M. T. Creation and analysis of biochemical constraint-based models using the COBRA Toolbox v.3.0. NATURE PROTOCOLS

  • Apaolaza, Inigo; Valcarcel, Luis Vitores; Planes, Francisco J. gMCS: fast computation of genetic minimal cut sets in large networks. BIOINFORMATICS

  • Carazo, Fernando; Campuzano, Lucia; Cendoya, Xabier; Planes, Francisco J.; Rubio, Angel. TranscriptAchilles: a genome-wide platform to predict isoform biomarkers of gene essentiality in cancer. GIGASCIENCE

  • Carazo, Fernando; Gimeno, Marian; Ferrer-Bonsoms, Juan A.; Rubio, Angel. Integration of CLIP experiments of RNA-binding proteins: a novel approach to predict context-dependent splicing factors from transcriptomic data. BMC GENOMICS

  • Fuertes, Alvaro; Perez-Burillo, Sergio; Apaolaza, Inigo; Valles, Yvonne; Pilar Francino, M.; Angel Rufian-Henares, Jose; Planes, Francisco J. Adaptation of the Human Gut Microbiota Metabolic Network During the First Year After Birth. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY

  • Carazo, Fernando; Romero, Juan P.; Rubio, Angel. Upstream analysis of alternative splicing: a review of computational approaches to predict context-dependent splicing factors. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS

  • Valcarcel, Luis V.; Torrano, Veronica; Tobalina, Luis; Carracedo, Arkaitz; Planes, Francisco J. rMTA: robust metabolic transformation analysis. BIOINFORMATICS

  • Chandak, Shubham; Tatwawadi, Kedar; Ochoa, Idoia; Hernaez, Mikel; Weissman, Tsachy. SPRING: a next-generation compressor for FASTQ data. BIOINFORMATICS

  • Yang, Ruochen; Chen, Xi; Ochoa, Idoia. MassComp, a lossless compressor for mass spectrometry data. BMC BIOINFORMATICS

  • Hernaez, Mikel; Pavlichin, Dmitri; Weissman, Tsachy; Ochoa, Idoia. Genomic Data Compression. ANNUAL REVIEW OF BIOMEDICAL DATA SCIENCE, VOL 2, 2019

  • Fischer-Hwang, Irena; Ochoa, Idoia; Weissman, Tsachy; Hernaez, Mikel. Denoising of Aligned Genomic Data. SCIENTIFIC REPORTS

  • Zhang, Chuanyi; Ochoa, Idoia. VEF: a Variant Filtering tool based on Ensemble methods. BIOINFORMATICS

  • Voges, Jan; Paridaens, Tom; Müntefering, Fabian;  Mainzer, Liudmila S.; Bliss, Brian;  Yang, Mingyu; Ochoa, Idoia; Fostier, Jan;  Ostermann,Jörn; Hernaez , Mikel. GABAC: an arithmetic coding solution for genomic data. BIOINFORMATICS

Publicaciones Año 2018

  • Cortazar, Ana R.; Torrano, Veronica; Martin-Martin, Natalia; Caro-Maldonado, Alfredo; Camacho, Laura; Hermanova, Ivana; Guruceaga, Elizabeth; Lorenzo-Martin, Luis F.; Caloto, Ruben; Gomis, Roger R.; Apaolaza, Inigo; Quesada, Victor; Trka, Jan; Gomez-Munoz, Antonio; Vincent, Silvestre; Bustelo, Xose R.; Planes, Francisco J.; Aransay, Ana M.; Carracedo, Arkaitz. CANCERTOOL: A Visualization and Representation Interface to Exploit Cancer Datasets. CANCER RESEARCH

  • Apaolaza, Inigo; San Jose-Eneriz, Edurne; Agirre, Xabier; Prosper, Felipe; Planes, Francisco J. COBRA methods and metabolic drug targets in cáncer. MOLECULAR & CELLULAR ONCOLOGY

  • Romero, J.P., Ortiz-Estévez, M., Muniategui, A., Carrancio, S., De Miguel, F.J., Carazo, F., Montuenga, L.M., Loos, R., Pío, R., Trotter, M.W.B., Rubio, A. Comparison of RNA-seq and microarray platforms for splice event detection using a cross-platform algorithm. BMC GENOMICS

  • Tubía, I., Carazo, F., Apezteguía, A., Pérez-Lorenzo, E., Paredes, J., Arana, S. Analysis of temperature and pH shifts on the impedance characteristic using interdigitated microelectrode based sensors for industrial applications. SENSORS AND ACTUATORS A-PHYSICAL

  • Aldave, G., Gonzalez-Huarriz, M., Rubio, A., Romero, J.P., Ravi, D., Miñana, B., Cuadrado-Tejedor, M., García-Osta, A., Verhaak, R., Xipell, E., Martinez-Vélez, N., De La Rocha, A.A., Puigdelloses, M., García-Moure, M., Marigil, M., Pérez-Larraya, J.G., Marín-Bejar, O., Huarte, M., Carro, M.S., Ferrarese, R., Belda-Iniesta, C., Ayuso, A., Prat-Acín, R. The aberrant splicing of BAF45d links splicing regulation and transcription in glioblastoma. NEURO-ONCOLOGY

  • Roguski, Lukasz; Ochoa, Idoia; Hernaez, Mikel; Deorowicz, Sebastian. FaStore: a space-saving solution for raw sequencing data. BIOINFORMATICS

  • Peng, Jianhao; Milenkovic, Olgica; Ochoa, Idoia. METHCOMP: a special purpose compression platform for DNA methylation data    . BIOINFORMATICS

Publicaciones Año 2017

  • Pey, Jon; San Jose-Eneriz, Edurne; Carmen Ochoa, Maria; Apaolaza, Inigo; de Atauri, Pedro; Rubio, Angel; Cendoya, Xabier; Miranda, Estibaliz; Garate, Leire; Cascante, Marta; Carracedo, Arkaitz; Agirre, Xabier; Prosper, Felipe; Planes, Francisco J. In-silico gene essentiality analysis of polyamine biosynthesis reveals APRT as a potential target in cancer. SCIENTIFIC REPORTS

  • Apaolaza, Inigo; San Jose-Eneriz, Edurne; Tobalina, Luis; Miranda, Estibaliz; Garate, Leire; Agirre, Xabier; Prosper, Felipe; Planes, Francisco J. An in-silico approach to predict and exploit synthetic lethality in cancer metabolism . NATURE COMMUNICATIONS

  • Garcia, I., Aldaregia, J., Vicentic, J.M., Aldaz, P., Moreno-Cugnon, L., Torres-Bayona, S., Carrasco-Garcia, E., Garros-Regulez, L., Egaña, L., Rubio, A., Pollard, S., Stevanovic, M., Sampron, N., Matheu, A. Oncogenic activity of SOX1 in glioblastoma. SCIENTIFIC REPORTS

  • Ochoa, Idoia; Hernaez, Mikel; Goldfeder, Rachel; Weissman, Tsachy; Ashley, Euan. Effect of lossy compression of quality scores on variant calling. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS

Año 2016

  • Tobalina, Luis; Pey, Jon; Planes, Francisco J. Direct calculation of minimal cut sets involving a specific reaction knock-out. BIOINFORMATICS

  • Tobalina, Luis; Pey, Jon; Rezola, Alberto; Planes, Francisco J. Assessment of FBA Based Gene Essentiality Analysis in Cancer with a Fast Context-Specific Network Reconstruction Method. PLOS ONE

  • Romero, J.P., Muniategui, A., De Miguel, F.J., Aramburu, A., Montuenga, L., Pio, R., Rubio, A. EventPointer: an effective identification of alternative splicing events using junction arrays. BMC GENOMICS

  • de Miguel, F.J. ,Pajares, M.J. , Martínez-Terroba, E. ,  Ajona, D. , Morales, X. , Sharma, R.D. ,  Pardo, F.J. , Rouzaut, A. , Rubio, A. , Montuenga, L.M. , Pio, R. A large-scale analysis of alternative splicing reveals a key role of QKI in lung cancer. MOLECULAR ONCOLOGY

  • Tatwawadi, Kedar; Hernaez, Mikel; Ochoa, Idoia; Weissman, Tsachy. GTRAC: fast retrieval from compressed collections of genomic variants. BIOINFORMATICS

Publicaciones Año 2015

  • Rezola, Alberto; Pey, Jon; Tobalina, Luis; Rubio, Angel; Beasley, John E.; Planes, Francisco J. Advances in network-based metabolic pathway analysis and gene expression data integration. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS

  • Tobalina, Luis; Bargiela, Rafael; Pey, Jon; Herbst, Florian-Alexander; Lores, Ivan; Rojo, David; Barbas, Coral; Pelaez, Ana I.; Sanchez, Jesus; von Bergen, Martin; Seifert, Jana; Ferrer, Manuel; Planes, Francisco J. Context-specific metabolic network reconstruction of a naphthalene-degrading bacterial community guided by metaproteomic data. BIOINFORMATICS

  • Pey, Jon; Villar, Juan A.; Tobalina, Luis; Rezola, Alberto; Manuel Garcia, Jose; Beasley, John E.; Planes, Francisco J. TreeEFM: calculating elementary flux modes using linear optimization in a tree-based algorithm. BIOINFORMATICS

  • Rubio Díaz-Cordovés, Ángel; Del Villar, Fernando. Code profiling in R: a review of existing methods and an Introduction to package GUIProfiler. THE R JOURNAL

  • Malysa, Greg; Hernaez, Mikel; Ochoa, Idoia; Rao, Milind; Ganesan, Karthik; Weissman, Tsachy. QVZ: lossy compression of quality values. BIOINFORMATICS

  • Ochoa, Idoia; Hernaez, Mikel; Weissman, Tsachy. iDoComp: a compression scheme for assembled genomes. BIOINFORMATICS

Publicaciones Año 2014

  • Pey, Jon; Planes, Francisco J. Direct calculation of elementary flux modes satisfying several biological constraints in genome-scale metabolic networks. BIOINFORMATICS

  • Pey, Jon; Planes, Francisco J.; Beasley, John E. Refining carbon flux paths using atomic trace data. BIOINFORMATICS

  • Rezola, Alberto; Pey, Jon; Rubio, Angel; Planes, Francisco J. In-Silico Prediction of Key Metabolic Differences between Two Non-Small Cell Lung Cancer Subtypes. PLOS ONE

  • Idoate, M. A.; Gonzalez-Huarriz, M.; Aldave, G.; Echeveste, J.; Tejada, S.; Pastor, F.; Rubio, A.; Aramburu, A.; Xipell, E.; Alonso, A. Aberrant Alternative Splicing of DPF2 (BAF45D) in the Maintenance of an Undifferentiated Cellular State in Glioblastoma. MODERN PATHOLOGY

  • Manolakos, Alexandros; Ochoa, Idoia; Venkat, Kartik; Goldsmith, Andrea J.; Gevaert, Olivier. CaMoDi: a new method for cancer module discovery. BMC GENOMICS

  • Ochoa, Idoia; Hernaez, Mikel; Weissman, Tsachy. Aligned genomic data compression via improved modeling. JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY

Año 2020

Título: Metabolic vulnerabilities for personalized therapeutic approaches in acute myeloid leucemia
Acrónimo: MEET-AML
Investigador principal: FRANCISCO J. PLANES
Convocatoria: ERA PERMED
Fecha de Inicio: 01/03/2020
Fecha de fin: 28/02/2023

Año 2019

Título: Precision medicine approach to target dereguleted metabolism in multiple mieloma
Acrónimo: PREMAMM
Investigador principal: FRANCISCO J. PLANES
Convocatoria: FUNDACION RAMÓN ARECES
Fecha de Inicio: 01/01/2019
Fecha de fin: 31/12/2021

Título: Nuevo producto de predicción de teratogénesis basado en el ensayo del pez cebra e inteligencia artificial
Acrónimo: TERATOX
Investigador principal: FRANCISCO J. PLANES
Convocatoria: FOMENTO SAN SEBASTIÁN
Fecha de Inicio: 14/11/2019
Fecha de fin: 14/03/2020

Año 2018

Título: Smart Technologies for personAlised Nutrition and Consumer Engagement
Acrónimo: STANCE4HEALTH
Investigador principal: FRANCISCO J. PLANES
Convocatoria: DT-SFS-14-2018 H2020
Fecha de Inicio: 01/10/2018
Fecha de fin: 30/09/2022

Título: Early detection and detection: understanding the mechanisms of transformation an hidden resistance on incurable hematological malignencies
Acrónimo: EDITOR
Investigador principal: ANGEL RUBIO
Convocatoria: CANCER RESEARCH UK
Fecha de Inicio: 01/12/2018
Fecha de fin: 30/11/2023

Año 2017

Título: Nueva aproximacion de medicina de sistemas para el descubrimiento de dianas metabolicas en neoplasias hematologicas
Acrónimo: META4CANCER
Investigador principal: FRANCISCO J. PLANES
Convocatoria: RETOS INVESTIGACIÓN MINISTERIO DE CIENCIA E INNOVACIÓN
Fecha de Inicio: 01/01/2017
Fecha de fin: 31/12/2019

Título: Prevención, diagnóstico, investigación y nuevas lineas terapéuticas para enfermedades raras en el marco de la CAPV
Acrónimo: Bg17
Investigador principal: FRANCISCO J. PLANES
Convocatoria: ELKARTEK GOBIERNO VASCO
Fecha de Inicio: 01/03/2017
Fecha de fin: 31/12/2018

Título: Prediccion de respuesta a tratamiento de oncologia utilizando tecnologias de big data analysis
Acrónimo: MINEDRUG
Investigador principal: ANGEL RUBIO
Convocatoria: RED GIPUZKOANA DE CIENCIA, TECNOLOGÍA E INNOVACIÓN CONV. 2017. DIPUTACIÓN FORAL DE GIPUZKOA
Fecha de Inicio: 01/04/2017
Fecha de fin: 30/09/2018

Título: Desarrollo y validación de herramientas bioinformáticas que complementen el ensayo de teratogenicidad en pez cebra
Acrónimo: TERATOOL
Investigador principal: FRANCISCO J. PLANES
Convocatoria: HAZITEK GOBIERNO VASCO
Fecha de Inicio: 01/06/2017
Fecha de fin: 31/12/2018