Cuenta la Facultad con un centro de investigación científica –el Instituto Martín de Azpilcueta–, para el impulso y promoción de la investigación y de las publicaciones. Entre estas, merecen destacarse: la revista Ius Canonicum (publicada desde 1961, semestral), el Diccionario General de Derecho Canónico (7 tomos), el Comentario Exegético al Código de Derecho Canónico (5 vol. con 8 tomos), la edición anotada del Código de Derecho Canónico, la Colección canónica, la Colección de Manuales de Derecho Canónico y Derecho Eclesiástico del Estado, la Colección de Manuales del Instituto Martín de Azpilcueta (que abarca todas las disciplinas de la Licenciatura en Derecho Canónico) y la publicación Cuadernos doctorales. Excerpta e dissertationibus in Iure Canonico (desde 1983).