La Facultad de Teología de la Universidad de Navarra inició sus actividades como Centro Teológico en 1964. Posteriormente fue elevada al rango de Instituto en 1967 y erigida por la Santa Sede como Facultad en 1969. Sus títulos académicos tienen plena validez canónica y civil. Como tarea primordial, la Facultad se dedica a proporcionar a sus alumnos una sólida formación teológica; pretende, además, la preparación de profesores e investigadores en la Ciencias Sagradas. Sus estudios de Licenciatura (Postgrado/máster) se estructuran en tres Especializaciones: Teología Bíblica, Teología Sistemática (Orientación en Teología Dogmática y en Teología Moral y Espiritual) y Teología Histórica (Orientación en Historia de la Iglesia y en Historia de la Teología).
La docencia y la investigación están organizadas de acuerdo con una estructura departamental. La Facultad cuenta, para sus enseñanzas ordinarias, con tres Departamentos (Sagrada Escritura, Teología Sistemática y Teología Histórica), que son unidades didácticas e investigadoras a las que están adscritos los profesores que trabajan en cada área y los alumnos que preparan su tesis de Licenciatura y Doctorado en las materias correspondientes.
Realizar los estudios en la Facultad de Teología de la Universidad de Navarra supone formarse en una Universidad moderna y prestigiosa, en la que la inspiración cristiana no es sólo una idea fundacional, sino que guía e informa siempre todas las actividades de la corporación académica. Los estudiantes viven en un ambiente de convivencia con los demás alumnos y saberes, y pueden participar en programas interdisciplinares de Filosofía, Comunicación, Derecho, Derecho Canónico, Bioética, Informática, etc.
El Servicio de Promoción y Asistencia de las Facultades de Estudios Eclesiásticos de la Universidad de Navarra procura orientar a los alumnos para que, si lo necesitan, puedan obtener ayudas y becas que les permitan costearse sus estudios.
Estudian en la Facultad de Teología sacerdotes, religiosos y religiosas, seminaristas y seglares de diversos países de todo el mundo. Los seminaristas diocesanos pueden vivir en el Colegio Eclesiástico Internacional Bidasoa, erigido por la Santa Sede como Seminario Internacional. Los sacerdotes seculares pueden residir, entre otros, en el Colegio Mayor de Humanidades.
